度假村内设商店应缴纳增值税。纳税人兼营应税行为和货物或者非应税劳务的,应当分别核算应税行为的营业额和货物或者非应税劳务的销售额,分别缴纳营业税和增值税。
法律依据:
《中华人民共和国增值税暂行条例》第九条
纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产,取得的增值税扣税凭证不符合法律、行政法规或者国务院税务主管部门有关规定的,其进项税额不得从销项税额中抵扣。