个人独资企业年检的程序如下：
1、个人独资企业应于每年3月15日前持年检报告书和营业执照及其他有关材料向工商行政管理机关申报年检；
2、个人独资企业及其分支机构的营业执照正副本原件、公章；
3、有电子营业执照的提供电子营业执照；
4、特殊行业提供行政许可证明原件(食品、卫生等)；
5、合伙企业及其分支机构的组织机构代码证正副本原件；
6、合伙企业及其分支机构的税务登记证正副本原件；
7、投资人身份证复印件；
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